Vágner Rogério Nunes nasceu em 19 de março de 1973, em Bauru, interior de São Paulo. Volante de origem, com marcação forte, combativo e habilidade técnica para organizar o meio-campo, também atuava como meia mais recuado, ajudando na transição defesa-ataque.

Iniciou sua carreira profissional no Corinthians na década de 1990, ganhando experiência e mostrando seu estilo de jogo. Mesmo não sendo titular absoluto, despertou interesse de outros clubes brasileiros. Posteriormente, passou por empréstimos até se consolidar na Ponte Preta, onde teve boa sequência. 

Em 1999, chegou ao São Paulo, conquistando seu espaço no time principal e ganhando respeito da torcida pela dedicação e raça em campo. O atleta destacava-se por sua versatilidade e habilidade, sendo um verdadeiro xerife no meio-campo.

Nos anos 2000, conquistou o Campeonato Paulista, sendo peça fundamental no elenco ao lado de César Sampaio, Müller, Ricardinho, Roque Júnior e Rogério Ceni. Durante a campanha da Copa do Brasil no mesmo ano, Vágner deixou o Tricolor Paulista antes da final contra o Cruzeiro, na qual foram vice-campeões.

Em entrevista, afirmou que o clube teve um ano para contratá-lo, mas não o fez. Essa decisão gerou controvérsias, especialmente considerando a importância do jogador na campanha até aquele momento.

Posteriormente, Vágner ainda jogou em outros clubes, como Coritiba, Palmeiras e Ponte Preta, além de passagem por times menores. Em 2006, resolveu encerrar sua carreira. Após a aposentadoria, dedicou-se a atividades relacionadas ao futebol, como técnico em categorias de base e trabalhos em clubes menores.